El herbario alberga una colección de plantas de los tres estados de la península de Yucatán, producto de investigaciones sobre el patrimonio natural y medicinal del pueblo maya peniinsular, concluidas o en curso, en colaboración con otras instituciones como el ECOSUR y la UNAM. El acervo actualmente cuenta con cerca de cien especies, la mayoría pertenecientes a la familia Fabaceae. El proyecto que actualmene se está desarrollando es sobre plantas sagradas mayas, en colaboración con la UNAM y la UADY, siendo el herbario de la UNO el depositario de los ejemplares botánicos colectados.